Return to Project Cybercell



Databases and Servers Used to Construct CCDB

  GenBank   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Prosite   http://www.expasy.org/prosite/   

  pI/MW Tool   http://www.expasy.org/tools/pi_tool.html   

  Genequiz   http://jura.ebi.ac.uk:8765/ext-genequiz/   

  PIR   http://pir.georgetown.edu/   

  PEC/Shigen   http://www.grs.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp   

  Echobase   http://web.bham.ac.uk/bcm4ght6/genome.html   

  Wisconsin   http://www.genome.wisc.edu/pub/expression/paratab.txt   

  ExpressDB   http://arep.med.harvard.edu/   

  GeneOntology   http://www.geneontology.org/   

  GenProtEC   http://genprotec.mbl.edu   

  EcoGene   http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/   

  PsiPred   http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/   

  PDB   http://www.rcsb.org/pdb/   

  CATH   http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/   

  Swiss2D PAGE   http://www.expasy.org/ch2d/   

  SwissModel   http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   

  TargetDB   http://targetdb.pdb.org/   

  Rosetta   http://www.doe-mbi.ucla.edu/~marcotte/rosetta_coli_all.html   

  PsortB   http://www.psort.org/psortb/   

  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Babel   http://www.osc.edu/ASC/PET/CCM/software/tested/ms-dos/babel/babel.html   



COLICARD Field Source Information

  CCDB Entry_ID  

  Locally Determined   

  Accession_Number   

  Locally Determined   

  Name   

  SwissProt  http://www.expasy.org/sprot/   

  Alternate_Names   

  SwissProt  http://www.expasy.org/sprot/   

  Gene_Name   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Blattner_Number   

  SwissProt  http://www.expasy.org/sprot/   

  General_Function   

  Genequiz  http://jura.ebi.ac.uk:8765/ext-genequiz/   

  Specific_Function   

  SwissProt  http://www.expasy.org/sprot/   

  Riley_Cell_Function   

  GenProtEC  http://genprotec.mbl.edu   

  Blattner_Ontology   

  Wisconsin  http://www.genome.wisc.edu/pub/   

  Gene_Ontology   

  GeneOntology  http://www.geneontology.org/   
  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Pfam_Domain/Function   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Metabolic_Importance   

  PEC/Shigen   http://www.grs.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp   

  Model_Organism_Homologues   

  Calculated Locally

  Paralogues   

  Wisconsin   http://www.genome.wisc.edu/pub/expression/paratab.txt  
  Calculated Locally  

  Similarity   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Cell_Location   

  SwissProt  http://www.expasy.org/sprot/   
  PsortB   http://www.psort.org/psortb/   

  Gene_Sequence   

  GenBank   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html   

  Upstream_100_bases   

  Calculated Locally, GenBank   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html   

  Gene_Position   

  GenBank   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html   

  Centisome Position   

  Calculated Locally   

  GC_Content   

  Calculated Locally   

  Preceding_Gene   

  Calculated Locally   

  Following_Gene   

  Calculated Locally   

  Operon_Status   

  RegulonDB
  http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb/       


  Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National   Institute of Genetics
  http://www.cib.nig.ac.jp/dda/taitoh/ecoli.operon.html       

  Operon_Components   

  RegulonDB
  http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb/       


  Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National   Institute of Genetics
  http://www.cib.nig.ac.jp/dda/taitoh/ecoli.operon.html       

  Protein_Copy_Number   

  Literature Search

  RNA_Copy_Number   

  ExpressDB   http://arep.med.harvard.edu/   

  Genbank_ID_(DNA)   

  GenBank    http://www.expasy.org/sprot/   

  Genbank_ID_(Protein)   

  GenBank    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html   

  SWISS_PROT_ID   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  SWISS_PROT_Accession   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  2D_Gel_Image   

  Swiss2D PAGE   http://www.expasy.org/ch2d/   

  Other_Databases   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/
  EcoGene  
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/   
  PIR  
http://pir.georgetown.edu/   

  EC_Number   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  #_Amino_Acids_T   

  Calculated Locally  

  #_Amino_Acids_M   

  Calculated Locally  

  Calculated_Mw_T   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Calculated_Mw_M   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Theoretical_pI_T   

  pI/MW Tool   http://www.expasy.org/tools/pi_tool.html   

  Theoretical_pI_M   

  pI/MW Tool   http://www.expasy.org/tools/pi_tool.html   

  Sequence Verified   

  EcoGene   http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/   

  Protein_Sequence   

  GenBank   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.htm   
  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   
  EcoGene    http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/   

  PROSITE_Motif   

  Prosite   http://www.expasy.org/prosite/   

  Other_Sites   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  #_Transmembrane_Regions   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Cys/Met_Translated   

  Calculated Locally  

  Cys/Met_Mature   

  Calculated Locally  

  Secondary_Structure_(PDB)   

  Calculated Locally, PDB   http://www.rcsb.org/pdb/   
  PsiPred   http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/   

  PDB_Accession   

  PDB   http://www.rcsb.org/pdb/   
  SwissModel   http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html   

  Resolution   

  PDB   http://www.rcsb.org/pdb/   

  Structure_Class/Fold_Class

  CATH   http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/   

  Quaternary_Structure   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/   
  SwissProt    http://www.expasy.org/sprot/   

  Interacting_Partners   

  Literature Search, EcoCyc   http://ecocyc.org   
  Rosetta    http://www.doe-mbi.ucla.edu/~marcotte/rosetta_coli_all.html   

  Cofactors   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Metal_Ion   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Kcat_Value_[1/min]   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Specific_Activity_[umol/min/mg]   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  

  Km_Value_[mM]   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  

  Substrates   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  Products   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  Specific_Reaction   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  General_Reaction   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  
  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  Inhibitor   

  BRENDA   http://www.brenda.uni-koeln.de/   
  Literature Search  

  CC3D_Priority   

  Calculated Locally  

  TargetDB_Status   

  TargetDB   http://targetdb.pdb.org/   

  Availability   

  TargetDB   http://targetdb.pdb.org/   

  References   

  PubMed   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi   



METABOCARD Field Source Information

  Common Name   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Chemical Name   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   
  EcoCyc   http://ecocyc.org/   

  Miscellaneous Names   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Molecular Weight   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Chemical Formula   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   
  EcoCyc   http://ecocyc.org/   

  Melting Point   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Solubility   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  CAS number   

  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Smiles   

  Babel   http://www.osc.edu/ASC/PET/CCM/software/tested/ms-dos/babel/babel.html   

  Pathway   

  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  2D Structure   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/   
  Chemfinder   http://chemfinder.cambridgesoft.com/   

  Macromolecular Interacting Partner   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/   
  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  EC Link   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  Reactions   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/   
  KEGG   http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html   

  MIP Sequence   

  SwissProt   http://www.expasy.org/sprot/   

  MIP Structure   

  PDB   http://www.rcsb.org/pdb/   
  SwissModel   http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html   

  Comments   

  EcoCyc   http://ecocyc.org/